1999年(nián )，某个东西被卡车运出(chū )了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫(🚤)队员家城茜（(👑)釈由美(měi )子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料(liào )科。
　　另一方(fāng )面，日本(💱)政府在(🎛)柘植真智子首相（水野久美 饰(🤠)）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等(🤲)科学家开(💠)始研究对付哥(gē )斯拉的G兵器。他们以在(zài )馆山冲挖掘出来的初代哥(gē )斯拉骨骼(gé )为基础，用了(🌹)四年(🐨)制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相(xiàng )辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰(🔞)）就任(📐)新(🔎)首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就(jiù )在准(🧘)备机龙测试机动时，哥(gē )斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现(🔍)场与哥斯拉对战(zhàn )，却因哥斯拉(lā )的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走(🗒)，在城市中造成(chéng )了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了(le )机龙DNA计算机的碱构造，使机龙(🦄)不会(huì )再受哥斯拉叫声的(de )干扰。但由于对再次暴走的担(dān )忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　(🆕)哥斯拉再度出现在东京(🌟)湾，一路无视特(🌥)生自卫队的攻击来到(dào )了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意(🐎)让机(jī )龙出动。
　　为(💼)了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱(bào )着必死(sǐ )的觉悟。机龙(lóng )(✒)和茜的战(👆)斗就这样开(😇)始了。