1999年(🐽)，某个东西被(bèi )卡车运出了馆山市。几天(🤢)后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之(zhī )展开了苦战。在战斗中，自卫队员(yuán )家城茜（釈由美子 饰(shì )）意外害死了战友叶山(shān )二(èr )尉（森末慎(shèn )二(🎫) 饰(🗑)），自己却侥幸活了下来，并被派(pài )去了资料科。
　　另一方面，日本(💱)政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了(⛓)汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付(🎋)哥(gē )斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘(💹)出来的初代哥斯拉骨骼为基础(➡)，用了四年(🐨)制成(🥋)了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相(🐡)辞职，由(yóu )科学技术厅长(zhǎng )官五十岚隼人（(💸)中尾(🐞)彬 饰）就任新首相(xiàng )。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在(👩)准备机龙测试机动时，哥斯拉又(⛴)在东京湾出现了。机(🈳)龙赶赴(fù )现场与哥斯拉对战，却因哥斯(sī )拉的吼声(shēng )唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在(zài )城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的(🌲)碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的(de )干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟(➿)迟不(💘)允许出动机龙。
　　哥斯拉再度(🤟)出现在(zài )东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终(zhōng )于同意(yì )让机龙出(📒)动。
　　为了打败哥(🎅)斯拉，机龙被(bèi )送到了品川。茜也抱(bào )着必死的觉悟。机龙和茜的战(👆)斗就这样开始了。