自西元20XX年，人类从肯(📒)亚图尔卡纳湖的湖畔挖出(chū )了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后(🥩)，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之(🗄)语言(🎡)”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连(lián )结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域(🏂)的能量造成了事象变移，使地球(游戏(🥫)中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开(👊)地球。　　到了四千年(nián )多后，在故事开(kāi )始前十五的T.C.4753年，米尔奇(📧)亚行星(xīng )(Miltia)爆发(♌)了(le )所谓的米尔(ěr )奇亚(yà )冲(chōng )突事件，在(👄)此(🐖)次事(shì )件当中，米尔奇亚行星的人(rén )类疑似遭到了格诺西(xī )斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真(zhēn )相(🐈)却因(yīn )为米尔奇亚的消失而不为人知。在事(shì )件后，启动原始索(suǒ )哈尔（后来(🔍)人类制造出了十二(🎆)具索哈尔模(mó )拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈(hā )(😂)尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被(🏫)封存在(🥈)Y资料当中，而Y资料又被(🍆)封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内(👉)，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(📒)(游戏中统治各(⤴)行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个(gè )名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安(ān )全。　(😇)　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结(jié )束(🚩)后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始(shǐ )的(🚱)时候(🍶)，当时最大的企业贝克达(dá )公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对(🎑)格(📐)诺(nuò )西斯用战斗(dòu )兵(🏐)器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械(🍺)制品。另一方(fāng )面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但(dàn )没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的(😢)格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫(😐)苑因而被卷入一连(lián )串和格诺西斯及索哈(hā )尔有关的阴(yīn )谋，以及会改变人类命(🍮)运的事件当中(zhōng )……